日割り計算の金額が1日分ずれています。どのようなことが考えられますか?

タイムゾーンの影響の可能性がございます。
PAY.JPはすべての日時をUTCで管理し日割りの計算もUTCベースで判定しております。
日本時間9時までに課金が作成された場合、UTCではその前日に課金が作成されたものとなります。

対策として、日本時間0:00-9:00に作成する定期課金にはトライアル終了時刻(trial_end)に9:01以降の値(例えば翌日0:00のタイムスタンプなど)を設定いただくことで日本時間ベースでの日割り計算が可能となります。
詳細につきましては こちらもご参照ください。
【例】
日本時間2019/3/1 00:00:00 に定期課金を作成する場合
=> 日本時間2019/3/2 00:00:00 となるトライアル終了時刻(trial_end)を設定
日本時間2019/3/1 08:59:59 に定期課金を作成する場合
=> 日本時間2019/3/2 00:00:00 となるトライアル終了時刻(trial_end)を設定
日本時間2019/3/1 09:00:00 に定期課金を作成する場合
=> トライアル終了時刻(trial_end)の設定は不要
日本時間2019/3/2 08:59:59 に定期課金を作成する場合
=> 日本時間2019/3/2 09:00:00 となるトライアル終了時刻(trial_end)を設定"